Škiljan, F., Ilić, M. (2020). Tragovima ruskih emigranata. Povijesni vodič po mjestima i gradovima Hrvatske, Zagreb: Vernisaž.
Škiljan, F., Petrić, H. (2019). Iz povijesti Srba u Koprivničko-križevačkoj županiji, Zagreb: Vijeće srpske nacionalne manjine Koprivničko-križevačke županije.
Škiljan, F. (2019). Mađari u Domovinskom ratu, Zagreb: Vijeće mađarske nacionalne manjine Grada Zagreba.
Škiljan, F. (2019). Poljaci u Hrvatskoj, Zagreb: Predstavnica poljske nacionalne manjine Grada Zagreba.
Škiljan, F., Dugački, V., Crnkić, A. (2019). Islamska zajednica u Sisku, Sisak: Medžlis Islamske zajednice Sisak.
Škiljan, F. (2019). Fran Zavrnik, Zagreb: Kulturno-prosvjetno društvo Slovenski dom.
Škiljan, F. (2018). Nacionalne manjine u Zagrebu, Zagreb: Koordinacija Vijeća i predstavnika nacionalnih manjina Grada Zagreba.
Škiljan, F. (2018). Svakodnevni život Rusina u istočnoj Slavoniji i zapadnom Srijemu, Zagreb: Predstavnik rusinske nacionalne manjine Grada Zagreba.
Škiljan, F., Petrić, H. (2018). Iz povijesti Srba u Zagrebačkoj županiji, Zagreb: Vijeće srpske nacionalne manjine Zagrebačke županije.
Škiljan, F., Perić Kaselj, M. (2018). Hrvati u Sloveniji, Lendava: Savez hrvatskih društava u Sloveniji.
Škiljan, F., Petrić, H. (2017). Iz povijesti Srba u Varaždinskoj županiji – od prvih doseljavanja do današnjih dana, Zagreb: Grafocentar.
Škiljan, F., Petrić, H. (2017). Iz povijesti Srba u parohiji Salnik od doseljavanja do današnjih dana, Zagreb: Vijeće srpske nacionalne manjine Zagrebačke županije.
Škiljan, F., Simić, B. (2017). Srbi u Cetinskoj krajini, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, Vijeće srpske nacionalne manjine Splitsko-dalmatinske županije.
Škiljan, F., Mađari u Zagrebu, Zagreb: Vijeće mađarske nacionalne manjine Grada Zagreba 2017.
Škiljan, F., Slovenci u Krapinsko-zagorskoj županiji, Varaždin: SKD Nagelj 2016.
Škiljan, F., Slovenci u Varaždinu, Varaždin: SKD Nagelj 2015.
Škiljan, F., Organizirana prisilna preseljavanja Srba u NDH, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2015.
Škiljan, F., Talijani u gradu Zagrebu, Zagreb: Zajednica Talijana Zagreb, 2015.
Škiljan, F., Prvi svjetski rat u Dalmaciji,Split – Dubrovnik: Vijeće srpske nacionalne manjine Splitsko-dalmatinske županije, Vijeće srpske nacionalne manjine Dubrovačko-neretvanske županije, 2014.
Škiljan, F., Rusi u Hrvatskoj, Zagreb: Savez Rusa u RH 2014.
Škiljan, F., Sjećanja na Domovinski rat u Pokupskom, Pokupsko: Matica hrvatska Pokupsko, 2014.
Škiljan, F., Svakodnevni život Ukrajinaca u Lipovljanima, Lipovljani: Ukrajinska zajednica u Hrvatskoj, 2013.
Škiljan, F., Nacionalne manjine u gradu Zagrebu, Zagreb: Plejada, 2012. (suautori Dragutin Babić i Drago Župarić-Iljić)
Škiljan, F., Peternel L., Šimičić L. Talijani u Ciglenici, Zagreb: KK Ciglenica 2012.
Škiljan, F., Hrvatsko zagorje u Drugom svjetskom ratu, Zagreb: Plejada 2012.
Škiljan, F., Kulturno-historijski spomenici Gorskog kotara i Ogulinsko – plaščanske zavale, Zagreb: Srpsko narodno vijeće 2012.
Škiljan, F., Kulturno-historijski spomenici Moslavine i kalničko-bilogorskog prigorja, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2011.
Škiljan, F., Kulturno-historijski spomenici zapadne Slavonije, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2010.
Škiljan, F., Znameniti Srbi u Hrvatskoj, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2009.
Škiljan, F., Politički zatvorenici u logorima Jasenovac i Stara Gradiška, Zagreb – Jasenovac: JUSP Jasenovac, 2009.
Škiljan, F., Kulturno-historijski spomenici Banije, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2008.
Škiljan, F., Kulturno-historijski spomenici Korduna, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2007.
Škiljan, F., Nikola Tesla: čarobnjak tehnike, Zagreb: Srpsko narodno vijeće, 2006.
Odabrani radovi u knjigama i časopisima:
Škiljan, F., Riman, B. (2021), Identitet Slovenaca u Zagrebu u: Sociologija i prostor, 59, 220 (1), 91-120.
Škiljan, F. (2021), Identitet, stradanje, sjećanje i asimilacija Srba na području Grubišnog Polja i Bjelovara,u: Tragovi : časopis za srpske i hrvatske teme, Vol. 4 No. 1,., str. 7-72.
Škiljan, F. (2020), Vjerski prijelazi s pravoslavne na rimokatoličku vjeroispovijest u Đakovačkoj i Srijemskoj biskupiji 1941. i 1942. godine u: Radovi : Radovi Zavoda za hrvatsku povijest Filozofskoga fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, Vol. 52 No. 2,., str. 157-180.
Peternel, L., Škiljan, F., Marinović, A. (2021)., "Hidden Aspects of Social and Historical
Development of Islamic Community in Sisak, Croatia U. Journal of Muslims in Europe 10, 1 , str. 1-28.
Lewis, K., Skelin Horvat, A., Škiljan, F. (2020). For Whom the School Bell Tolls: Minority Language Politics in the Croatian Educational System//Multilingualism and Politics: Revisiting Multilingual Citizenship/Strani, Katerina (ur.). Cham: Palgrave Macmillan, str. 285-308.
Škiljan, F., Riman, B. (2019). Život pograničnog stanovništva: studija slučaja Međimurje // Podravina: časopis za multidisciplinarna istraživanja, 18: (36) 113-128.
Vukić, A., Perić Kaselj, M., Škiljan, F. (2018). Povijest koja se pamti i različitost sjećanja: identiteti nacionalnih manjinskih zajednica i hrvatskih dijasporskih zajednica. U M. Džolan i M. Maras (ur.) Nepomireno društvo–nepomirena pamćenja, Doprinos prevladavanju nepomirenih pamćenja hrvatskog naroda ad intra/ad extra, Synopsis, Zagreb–Sarajevo, 167–182.
Peternel, L., Škiljan, F. (2016). Etniciteti, nacije i granice na Kordunu: primjer bošnjačke nacionalne manjine//Studia ethnologica Croatica, 28: (1) 213-232. doi:10.17234/SEC.28.8
Vukić, A., Perić Kaselj, M., Škiljan, F. (2015). Događaj i etnička situacija-promjena identiteta nacionalnih manjinskih zajednica u Republici Hrvatskoj, Studia ethnologica Croatica, 27: (1) 7-36.
Vukić, A., Perić Kaselj, M., Škiljan, F. (2015). Event and Ethnic Situacion: Changes to the Identity of National Minority Commuunities in the Republic of Croatia, Studia ethnologica Croatica, 27: (1), 37-70.
Vukić, A. Škiljan, F. (2015). Migracije Slovenaca na području sjeverozapadne Hrvatske (Varaždinska i Krapinsko zagorska županija), Podravski glasnik, XIV, broj 27, str. 175-189.
Škiljan, F. (2015). Slovenci u Zagrebu i djelovanje društva Slovenski dom u Zagrebu s posebnim osvrtom na pokušaj osnivanja slovenske škole 1946. godine« u: Nacionalne manjine u Hrvatskoj i Hrvati kao manjina, Zagreb, str. 157 – 166.
Škiljan, F. (2015). Romi u Istri, u: Zbornik javnih predavanja, Pazin, 3: 105 – 113.
Škiljan, F. (2015). Bošnjaci na otoku Krku i u gradu Buzetu, Historijska misao, Tuzla, 1 : 227 – 255.
Škiljan, F., Babić. D. (2014). Romi u Podravini i Međimurju i uključenost u hrvatsko društvo: od predrasuda i stigmatizacije do socijalne distance i diskriminacije, Podravina, 13: (25) 141 – 159.
Škiljan, F. (2014). Prevjeravanje Srba na području sjeverozapadne Hrvatske 1941. i 1942. Godine, Tokovi istorije, knjiga I, 135 – 173.
Škiljan, F. (2014). Svakodnevni život vlaškog sela Žejane na Ćićariji u dvadesetom stoljeću, Histria, 4: 237 – 266.
Škiljan, F. (2014). Starokatolička crkva u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, Historijski zbornik, LXVII: (1) 195 – 213.
Škiljan, F., Josipovič, D. (2014). Nekatere novejše dileme razvoja slovenske manjšine na Hrvaškem s poudarkom na območju na meji s Slovenijo, Razprave in gradivo, 73: 29 – 47.
Škiljan, F. (2014). Nacionalne manjine u Krapinsko – zagorskoj županiji – studija slučaja Slovenci, Hrvatsko zagorje, 20: (3/4) 103 – 118.
Škiljan, F. (2014). Rusi u Slavoniji, u: Slavonija – sociodemografski problemi/izazovi, Zagreb, str. 29 – 49.
Škiljan, F. (2014). Nacionalne manjine u hrvatskoj Baranji između čekića i nakovnja – slučaj baranjskih Nijemaca, u: Srpsko-hrvatski politički odnosi u 20. veku – zaštita identiteta, Novi Sad, str. 31-43.
Škiljan, F. (2014). Analiza stvarnih dosega u konzumaciji prava nacionalnih manjina u Republici Hrvatskoj – primjeri iz prakse, u: Bošnjačka pismohrana, str. 295 – 312.
Škiljan, F. (2014). Identitet Srba u Hrvatskoj« u: Politička misao, 2 :111-134.
Škiljan, F. (2013). Progon Srba iz Zagreba i oduzimanje srpske imovine 1941., Tokovi istorije, 1: 85-115.
Škiljan, F., Babić, D. (2013). Socijalna integracija useljenika iz BIH (Bošnjaci i Hrvati) u Hrvatskoj, Migracije iz BIH, Sarajevo, 95-103.
Škiljan, F. (2013). Identity of national minorities in Croatia, u: National and European identity in the process od European integration, Belgrade, str. 131-158.
Opširnija bibliografija:
http://bib.irb.hr/lista-radova?autor=325196